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1644年，李自成率领的大顺军攻克了北京，崇祯帝朱由检在煤山自缢。
李自成起义军占领北京后，迅速堕落，臣将骄奢，同时因为争夺陈圆圆的缘故，激怒了吴三桂，将他逼向了满清。
多尔衮率八旗军与明总兵吴三桂合兵，在山海关内外会战李自成。
李自成战败，退出北京，在河南、陕西继续抗击。
清军攻陷北京后，集中兵力，继续向关中的大顺军发动进攻。大顺军被迫兵分两路退出关中，经襄阳进入湖广。
南方，福王朱由崧在江北四镇总兵高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清以及凤阳总督马士英的支持下，监国于南京，五月十五日即皇帝位，改次年为弘光元年。
此时，大顺军占据了湖北一部分，张献忠的大西军据四川一带，满清据有东北、西北、华北的大部分地区。明朝的残余势力据有淮河以南的中国半壁江山。
1645年三月，满清开始南征。
此时弘光政权内部正进行着激烈的党争，爆发太子案，湖北的左良玉不敢跟李自成的大顺军正面交战，以“清君侧”为名，顺长江东下争夺南明政权。
弘光朝政的内阁首辅马士英被迫急调江北四镇迎击左军，致使面对清军的江淮防线陷入空虚。
1645年四月，左良玉在行军途中，病死在九江舟中。
左良玉的手下秘不发丧，共同推选他的儿子左梦庚为军主。
左梦庚率余部投降清朝，满清顺势占据了湖北等地，同时也拥有了大量的船舰，长江天险不复存在。
清军轻易攻破了徐州、扬州。
扬州池破时，清军屠城，扬州百姓死难八十万，史称“扬州十日”。
随后，清军渡过长江，攻克镇江，弘光帝急忙出逃去芜湖。
五月十五，弘光政权的众大臣献南京降清；
五月二十二弘光帝被俘获，送往北京，翌年被清军处死。
南京失陷后，1645年闰六月丁未，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，改元为隆武。
在朱聿键称帝后约40天鲁王朱以海监国于浙江绍兴。
一国二主的局面，让隆武政权与鲁王政权为了为争正统地位而形同水火，各自为战。
清军再度南下时，隆武政权和鲁国政权都没有建立稳固的防线。
1646年五月，满清征南大将军贝勒博洛乘虚突破钱塘江，绍兴、杭州、义乌、金华等城相继失守。
鲁王朱以海流亡海上，走石浦，后至舟山。
八月，看到满清步步紧逼，同时又听到许诺封自己为闽粤总督，郑芝龙决心投靠满清，郑芝龙下令镇守福建北大门的仙霞关守军全部撤回安平，同时也召回了自己领兵在外的的大儿子郑成功。
隆武帝朱聿键听到后出逃至汀州被掳，绝食而亡，
1646年十一月十五，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。满清反悔，将郑芝龙挟持上京，同时派兵攻打他的老巢安平镇。